1、误区一  微生物限度培养器过滤完成后，在取滤膜的过程中发生膜破现象。
1）原因分析：整个微生物限度系统属负压过滤，过滤完成后管路内存在一定的负压，若转动取滤膜时速度过快，负压未得到释放，就可能发生膜破现象。
2）操作建议：过滤抽滤结束后，会听到卸压声音，将滤杯底座轻轻旋转暂停下，让空气进入。待卸压完成后（卸压过程约需3～4S），再继续转取膜。
2、误区二 使用微生物限度培养器检验纯化水等样品，经培养后滤膜表面无菌落生长即认为是培养器本身灵敏度不够。
1）原因分析：在使用微生物限度培养器检验纯化水、注射用水的过程中，在滤膜表面无菌落生长或生长不明显，原因可能是使用时将1ml纯化水直接加入滤杯中直接过滤，供试液未经过稀释，菌落可能集中在一起；而且由于纯化水，注射用水本身经过净化处理，含菌量很少，检验结果菌落数很少或无菌落生长都是有可能的，同时要注意药典对检验量的要求，如注射用水的检验量应为200ml，可能很容易忽略。
2）操作建议：建议在微生物限度检查中，向培养器中加入供试液的体积较少时，一定要经过适当的稀释，使供试液中含有的微生物能够充分的分散；尤其是在检验纯化水等供试品时，务必达到规定的检验量，在含菌量较少的情况下倘若检验量达不到规定要求的话，就更难得到准确的菌落计数结果。